Роль реки Маккензи в экосистеме Северной Америки заключается в следующем:

• Поддержание биоразнообразия. 3 Водораздел реки Маккензи считается одной из крупнейших и наиболее нетронутых экосистем в Северной Америке, особенно в северной части. 1 Примерно 63% водосборного бассейна покрыто лесами, а водно-болотные угодья составляют около 18%. 1
• Миграционный путь для перелётных птиц. 2 Река служит важным миграционным путём для перелётных птиц, проводящих лето в её дельте, среди которых белый гусь, малый лебедь и канадский журавль. 2
• Создание условий для обитания животных. 2 Многочисленные протоки между островами, озёра и пруды создают удобные условия для обитания популяции ондатр, на берегах реки встречаются лоси, бобры, норки и лесные лягушки. 2

Кроме того, река Маккензи обеспечивает 11% пресной воды, попадающей в Северный Ледовитый океан. 2