Роль Пограничной службы ФСБ в защите морских биологических ресурсов заключается в контроле за соблюдением пользователями международных договоров, федерального законодательства в сфере охраны водных биоресурсов и установленных правил добычи. 2

Некоторые задачи службы:

• проверки соблюдения правил рыболовства и иных правил, регламентирующих добычу (вылов) морских биологических ресурсов; 1
• проверка документов на судах, искусственных островах, установках и сооружениях, рыболовных участках; 1
• контроль за иностранными судами, осуществляющими рыболовство в исключительной экономической зоне Российской Федерации и на континентальном шельфе РФ; 1
• контроль за судами, осуществляющими погрузку, выгрузку и перегрузку уловов морских биологических ресурсов и произведённой из них рыбной и иной продукции. 1

Также Пограничная служба ФСБ участвует в разработке правил промысла морских живых ресурсов для каждого рыбохозяйственного бассейна, согласуя их на стадии разработки, чтобы устранить возможные недостатки и противоречия в правовом регулировании охраны морских биологических ресурсов. 3