Роль озера Гурон в экосистеме Великих озёр заключается в том, что в нём смешиваются водные массы озёр Верхнее и Мичиган. 1 Вода через озеро Гурон течёт быстрее, чем через другие Великие озёра, и её срок хранения составляет всего 22 года. 4

Кроме того, озеро поддерживает местное сообщество глубоководных рыб, в котором первоначально преобладала озерная форель. 4 Однако за последнее столетие экология озера претерпела изменения: в нём появились инвазивные виды, исчезли некоторые местные рыбы. 4

Также возле Гурона расположено множество природных парков, что делает его важным элементом экосистемы Великих озёр. 3

Однако в целом за последнее время экология озера Гурон, как и в целом Великих озёр, значительно ухудшилась: изменился химический состав воды, исчезли некоторые виды рыб. 2 Чтобы сохранить то, что осталось, была разработана специальная программа по улучшению экологической обстановки. 2