Режим реки Амур характеризуется значительными колебаниями уровня воды. 3 Они обусловлены летне-осенними муссонными дождями, которые составляют до 75% годового стока. 3

Повышенные расходы воды отмечаются обычно с 1-й декады апреля до октября — ноября. 1 Весеннее половодье, обусловленное снеготаянием, выражено слабо. 1 Более выражено летнее половодье, на фоне которого могут образоваться 4–6 паводков, связанных в том числе с прохождением тайфунов. 1 Наивысшие расходы и уровни воды могут наблюдаться с мая до октября, но, как правило, наиболее высокие формируются в августе — сентябре. 1

От климата режим реки зависит следующим образом: во время наиболее сильных ливней разливы на среднем и нижнем Амуре могут достигать 10–25 километров и держаться до 70 дней. 3 Своего самого низкого уровня река достигает в марте и апреле, перед весенним половодьем, которое питается в основном за счёт стока талого снега. 2

Также дополнительный подъём воды (до 3 м) наблюдается во время морских приливов, которые распространяются на 150 км от устья. 1