Значение сточных озёр в экосистеме и водопользовании заключается в следующем:

В экосистеме сточные озёра могут негативно влиять на флору и фауну водоёма, разрушая или трансформируя его экосистему. 1 Осаждаясь, сточные воды заиливают дно и задерживают развитие или полностью прекращают жизнедеятельность донных микроорганизмов, участвующих в процессе самоочищения вод. 1

В водопользовании при рациональном управлении сточные озёра могут быть полезным ресурсом. 3 Обработанные стоки — источник воды и питательных веществ, которые можно использовать для выращивания сельскохозяйственных культур, минимизируя потребность в пресных запасах и дорогостоящих удобрениях. 3 Осадок сточных вод может стать сырьём для производства биогаза, биотоплива, экологичных строительных материалов. 3

Кроме того, сточные озёра перераспределяют речной сток во времени, оказывая на него регулирующее воздействие и выравнивая его в течение года. 5