В экологии серные бактерии (серобактерии) играют важную роль в круговороте серы в природе. 34 Они предотвращают накопление в воде токсичного сероводорода. 4 Однако, образуя серную кислоту, серобактерии могут быть причиной разрушения каменных и бетонных сооружений, коррозии металлического оборудования в шахтах. 4

В промышленности серобактерии используют в следующих процессах:

• Очистка сточных вод. 12 Илы, содержащие серобактерий, применяют для очистки сточных вод от сероводорода (за счёт превращения его в сульфат). 12
• Выщелачивание металлов из руд. 4 Некоторые серобактерии используют для этого процесса. 4

Таким образом, серные бактерии имеют как положительное, так и отрицательное значение в зависимости от контекста.