Озера рифтовой долины Кении имеют большое значение для местной экосистемы и туризма. 24

Для экосистемы эти озёра служат средой обитания разнообразных диких животных и многочисленного птичьего сообщества. 3 Например, здесь обитают 13 видов птиц, которым угрожает полное уничтожение за пределами заповедника. 2 Территория является самым обширным местом выгула малых фламинго, а также одним из наиболее значительных мест гнездования и выкармливания птенцов больших пеликанов. 24 В заповеднике обитают значительные популяции млекопитающих, включая чёрного носорога, жирафа Ротшильда, большого куду, льва, леопарда и дикой собаки. 24

Для туризма озера рифтовой долины Кении также важны, так как являются популярным местом для посещения, например, благодаря возможности увидеть миллионы розовых фламинго на озере Накуру и гейзеры на озере Богория. 12 Система озёр в Великой рифтовой долине даже включена в Список всемирного наследия ЮНЕСКО. 24