Острова Сан-Томе и Принсипи имеют значение для сохранения морской фауны благодаря своему уникальному биологическому разнообразию. 4

Благодаря относительной изолированности от континента на островах сосредоточены многочисленные наземные и морские экосистемы, включая пышные туманные леса, пронизанную солнцем саванну, густые мангровые заросли и причудливые коралловые рифы. 4

Прибрежные воды островов богаты рыбой (акула, барракуда, летучая рыба, морской окунь, рыба-игла, тунец). 25 Также здесь много креветок, лангустов, сухопутных и морских крабов, а также устриц. 2

Однако экосистемы островов зависят от хрупкого экологического равновесия, которое легко нарушается под воздействием внешних факторов, например, неправильного обращения с химическими веществами и отходами. 4