Горы Рувензори имеют важное значение для экологии региона благодаря своему биоразнообразию. 24

Растительность гор Рувензори уникальна для экваториальной Африки. 1 На нижних склонах массива до высоты около 2600 м находятся предгорные и горные влажные вечнозелёные леса, частично замещённые вторичными саваннами. 4 На высоте 2600–3800 м преобладает субальпийская растительность (в основном древовидный вереск), а выше 3800 м располагается альпийский пояс с высокогорными лугами. 4

Фауна гор Рувензори также уникальна для экваториальной Африки. 4 Там обитает много эндемичных видов животных, в том числе горная горилла, которая находится под угрозой исчезновения. 3 Горы Рувензори — одно из важнейших мест обитания птиц в Уганде, всего в парке зарегистрировано 195 видов птиц, многие из них являются эндемичными. 4