Горы Аппалачи имеют следующее значение для экологии Северной Америки:

• Природное разнообразие. 2 Из-за большой протяжённости горной системы климат Аппалачей неодинаков: на севере умеренный, на юге субтропический. 2 Это обуславливает широкое природное разнообразие: от заболоченных низменностей до влажных тропических лесов. 2
• Сохранение живописных участков. 1 Несмотря на интенсивное освоение территории и значительное преобразование природной среды региона, в Аппалачах сохранились участки, мало затронутые хозяйственной деятельностью человека. 1 На этой территории существует несколько национальных парков и парков отдельных штатов, многочисленны заповедники и природные памятники. 1
• Экологические проблемы. 1 Одна из острых экологических проблем региона — кислотные дожди. 1 Для 70% озёр в горном массиве Адирондак и 30% аппалачских рек даже небольшое дополнительное поступление кислотных соединений с осадками может стать причиной массовой гибели рыб и других гидробионтов. 1