Браславские озёра имеют важное значение в экосистеме Беларуси по нескольким причинам:

• Поддержание здоровья экосистемы. 1 Чистота воды в озёрах, низкий уровень загрязнения и хорошая экологическая обстановка региона способствуют разнообразию водных и прибрежных видов растений и животных. 1
• Место обитания редких видов. 3 Водоёмы национального парка «Браславские озёра» — места обитания ряпушки европейской и снетка, которые занесены в Красную книгу Республики Беларусь. 3
• Обеспечение естественного воспроизводства рыб. 3 Множество малых и средних водотоков, которые впадают в озёра либо вытекают из них, играют важную роль в обеспечении воспроизводства основных промысловых видов рыб. 3
• Разнообразие флоры и фауны. 14 Вокруг озёр простираются обширные лесные массивы, которые обеспечивают оптимальный микроклимат и служат домом для многих видов животных и птиц. 1 В озёрах и на их берегах распространены водные и прибрежные растения, которые обеспечивают пищу и убежище для водной фауны. 1
• Значение для научных исследований. 2 Территория национального парка является научным полигоном для геологических, геоморфологических, ботанических и зоологических, а также экологических исследований. 2