Телецкое озеро имеет следующее значение для экосистемы региона:

• Сохранение биоразнообразия. 13 В бассейне озера расположены уникальные по своему биоразнообразию горные ландшафты, обитает большое количество «краснокнижных» видов растений и животных. 3 Десять видов редких и исчезающих таксонов Телецкого озера занесены в Красную книгу РФ, 15 — в Красную книгу Республики Алтай. 1
• Стабилизация экологической обстановки. 1 Озерная система вносит вклад в стабилизацию экологической обстановки в пределах региона, её состояние стабильно при некоторых отклонениях от оптимальных параметров. 1
• Рекреационное значение. 2 Телецкое озеро — один из наиболее значимых рекреационных объектов в Горном Алтае. 2 По экспертным оценкам, на берегах озера ежегодно отдыхают 50–70 тысяч человек. 2