Саяно-Шушенское водохранилище имеет противопаводковое значение, защищая от наводнений территории, расположенные ниже по течению. 12
Водохранилище обладает большим свободным объёмом и за время прохождения паводков может сдержать почти 15 миллиардов тонн воды. 5
Для пропуска паводков редкой повторяемости на Саяно-Шушенской ГЭС есть береговой водосброс, расположенный на правом берегу. 12