Рыбинское водохранилище имеет важное значение для местной флоры и фауны, в частности:

• Место обитания различных видов рыб. 1 В водохранилище можно встретить окуня, щуку, леща и другие виды. 1 Глубоководные зоны населены голомью, судаком, щукой и другими видами, которые предпочитают холодную воду и большие глубины. 1 Прибрежные зоны служат домом для видов, которые любят тёплую воду и мелководные участки. 1
• Очаг сохранения и воспроизводства редких видов птиц. 3 Благоприятные условия для гнездования, обилие добычи и заповедный режим способствовали увеличению численности таких редких птиц, как скопа и орлан-белохвост. 3
• Зона временного затопления привлекательна для многих животных. 4 Здесь кормятся зайцы, лоси, медведи. 4 В поисках пищи обсохшие мелководья перекапывают кабаны. 4
• Влияние на климатические условия в регионе. 1 Крупные водные площади водохранилища создают своеобразный микроклимат, увлажняя окружающую территорию, что способствует росту растительности и привлекает множество животных и птиц. 1

Для сохранения природных ресурсов и сбережения экологии вокруг Рыбинского водохранилища создан ряд заповедных территорий и природных парков. 1