Река Яна имеет важное значение для судоходства в Якутии. 14 На ней возможно плавание почти по всей длине — на протяжении 730 км от устья. 14

Однако русло Яны изобилует порогами и отмелями, поэтому навигация часто ограничивается половодьем (июнь — начало июля). 1 На участке Батагай — Верхоянск судоходство нерегулярное, возможно лишь в полноводный период. 4

Зимой на реке Яна делают ледовые переправы и автозимники. 2

Судоходство на Яне используется, например, для завоза топливно-энергетических ресурсов и социально значимых товаров в Янскую группу улусов. 5