Река Селенга имеет ключевое значение для экосистемы озера Байкал. 5 Она является одним из основных источников его пресного водного питания. 5 В год Селенга приносит в Байкал около половины всего годового стока — порядка 30 кубических километров воды. 5

Дельта Селенги также играет важную роль в поддержании чистоты озера. 13 Она задерживает в себе большую часть загрязнений, поступающих в озеро, выступая в роли фильтра или буфера. 3 Именно здесь завершается вынос природных и техногенных веществ с территории России и Монголии. 1

Кроме того, дельта Селенги служит домом для многих гнездящихся и перелётных птиц, в ней обитает 70 охраняемых видов. 3