Река Селенга имеет ключевое значение для экосистемы Байкала. 4 Она является одним из основных источников его пресного водного питания. 4 В год Селенга приносит около половины всего годового стока в озеро — порядка 30 кубических километров воды. 4

Дельта Селенги также играет важную роль в поддержании чистоты Байкала. 2 Она задерживает в себе большую часть загрязнений, поступающих в озеро, выступая в роли естественного биофильтра. 12

Кроме того, берега Селенги служат приютом для 298 видов пернатых, как мигрирующих, так и гнездящихся здесь. 3 Из них 70 занесены в Красную книгу. 3