Река Селенга имеет большое значение для экологии региона, в частности озера Байкал. 15 Она даёт более половины ежегодного притока воды в озеро. 2

Дельта Селенги выступает естественным биофильтром на пути загрязнителей, поступающих с речным стоком. 1 Она задерживает в себе большую часть загрязнений, поступающих в озеро, и обеспечивает защиту и нормальное функционирование его экосистемы. 15

Обширная территория дельты также является основным местом нереста и нагула ценных видов промысловых рыб и местом гнездования водоплавающих птиц. 3

Однако вследствие сброса загрязнённых сточных вод от промышленных предприятий и смыва с почв сельскохозяйственных угодий минеральных и органических удобрений в экосистему Селенги поступают поллютанты органических и токсичных веществ, что создаёт угрозу озеру Байкал и, в первую очередь, уникальной дельте реки. 3