Река Кагера имеет важное значение для экономики и экологии региона Восточной Африки. 12

В экономике река обеспечивает крупный приток воды в озеро Виктория, на её долю приходится примерно 6,4 миллиарда кубометров воды в год (около 28% стока озера). 2 Правильное управление режимом потока Кагеры важно для поддержания уровня воды в озере и оттока в реку Нил. 1

В экологии бассейн реки Кагера богат рыбой. 2 Из-за множества водопадов и порогов различные участки бассейна чётко разделены, что затрудняет или даже делает невозможным передвижение рыбы между ними. 2 На заболоченных низинах среднего течения организован национальный парк Кагера. 34

Кроме того, на левом берегу реки в Руанде расположен национальный парк Кагера, созданный для охраны фауны травянистых саванн. 5