Река Иллинойс имеет важное значение в транспортной системе Среднего Запада США как часть Иллинойсского водного пути. 14 Он соединяет систему Великих озёр с рекой Миссисипи, по которой путь доходит до Мексиканского залива (у Нью-Орлеана). 2

Водный путь активно используется баржами, перевозящими сыпучие грузы, такие как зерно и масло. 1 Летом и ранней осенью по нему курсируют туристы на прогулочных лодках. 1

Кроме того, река Иллинойс является частью Большой Петли — кругосветного плавания по восточной части Северной Америки по воде. 1

Вдоль берегов реки расположено несколько речных портов, например Пеория. 1