Значение Карадагского природного заповедника в Крыму для сохранения биоразнообразия заключается в следующем:

• Сохранение уникального природно-минералогического комплекса. 1 Заповедник был создан с целью сохранения уникальных минералов и редких видов флоры и фауны, обитающих на территории. 5
• Изучение состояния биоразнообразия. 1 На базе заповедника проводятся исследования по гидробиологии, физиологии водорослей, биоакустике, геоморфологии, геологии, а также по изучению разнообразия флоры и фауны Карадага и прилегающих территорий. 2
• Сохранение орнитологического разнообразия региона. 2 На территории заповедника зарегистрировано 238 видов птиц из 277, известных в Восточном Крыму. 2 Около 80 видов гнездятся на территории заповедника, из них редких — 8. 2
• Защита аквально-скального комплекса. 4 Морской сектор, а также галечно-валунный пляж и прибрежные скалы высотой до 120 метров имеют статус водно-болотных угодий международного значения, согласно Рамсарской конвенции. 3