Озеро Танганьика имеет следующее значение для экономики и экологии региона:

В экономике Танганьика служит жизненно важной базой для окружающих её стран. 12 Озеро является источником питьевой воды, пищи, служит транспортным путём. 1 Область обладает большим потенциалом для экотуризма, так как вдоль побережья озера находится много чистых пляжей и красивых скалистых участков, островов и заливов. 1

В экологии Танганьика славится своей богатой экосистемой, здесь обитают уникальные виды рыб, многие из которых встречаются только в этом озере. 3 Однако в её воды, особенно в северной части, у берегов Бурунди, постоянно происходит сброс промышленных, сельскохозяйственных и бытовых отходов. 1 Также проблемой для экосистемы озера является распространение в нём новых видов растений, например водяного гиацинта, который покрывает поверхность озера плотным ковром и нарушает естественный кислородный режим водоёма. 1