Озеро Онтарио имеет большое значение для судоходства и портовой инфраструктуры. 12

Для судоходства озеро соединено с Атлантическим океаном Морским путём Святого Лаврентия, открытым для прохода крупнотоннажных судов. 12 Судоходный Уэллендский канал связывает Онтарио с озером Эри на юго-западе. 1 Через Трентский канал Онтарио сообщается с Джорджиан-Беем в озере Гурон (место соединения у города Трентон, Онтарио). 1 У Кингстона (Онтарио) от озера на северо-восток отходит канал Ридо, соединяющий его с рекой Оттавой. 1 Канал Эри соединяет Онтарио с рекой Гудзон. 1

Для портовой инфраструктуры вдоль озера расположены несколько значительных портовых городов, в том числе Торонто, Гамильтон, Сент-Катаринс, Кингстон (Канада), Рочестер и Осуиго (США). 12