Озеро Ханка имеет большое значение в экологическом аспекте. 15

Прилегающая к озеру территория уникальна по своему биологическому разнообразию. 1 Здесь распространены луговые растительные сообщества, травянистые болота, дубовые леса и редколесья с участием сосны могильной. 1 В озере обитает большое количество пресноводных рыб и других гидробионтов. 1 Наличие крупного пресноводного водоёма обусловило концентрацию огромной численности водоплавающих и околоводных птиц. 1

Бассейн озера Ханка признан международным сообществом как один из важнейших регионов планеты с точки сохранения мирового биоразнообразия. 3 Он также считается одним из крупнейших в северо-восточной Азии водно-болотных угодий, центром гнездования большого ряда редких и исчезающих птиц. 3

Высокопродуктивные экосистемы бассейна озера насыщены ценными видами растений и животных. 1 Они имеют большое хозяйственное, рекреационное и эстетическое значение. 1

Однако в связи с наличием в бассейне озера огромных сельскохозяйственных угодий, крупных населённых пунктов, добычи угля, плавикового шпата и редкоземельных элементов, озеро испытывает большую антропогенную нагрузку. 1 Хозяйственная деятельность человека приводит к существенному загрязнению вод озера вредными веществами. 1