Озеро Чебаркуль имеет важное значение для экологии региона, так как это единственный источник питьевой воды для Чебаркульского городского округа. 1

Однако в последнее время водоём вошёл в число самых проблемных водных объектов региона из-за обмеления. 1 Исследования показали, что за последние 50 лет площадь озера сократилась на 18% или более чем на три квадратных километра. 1 Главной причиной обмеления называют активное использование озера жителями близлежащих населённых пунктов и предприятиями. 1

Основные экологические проблемы озера также включают загрязнение, заиление, цветение воды и снижение её уровня из-за значительного водозабора. 3

Для сохранения водоёма Минприроды Челябинской области ведёт его постоянный мониторинг. 1 В 2025 году планируется разработать план по оздоровлению озера Чебаркуль. 1