Остров Калимантан имеет важное значение в мировой экологии и охране природы по нескольким причинам:

• Биоразнообразие. 13 Калимантан — один из мировых центров биоразнообразия. 1 В его лесах произрастает около 15 тысяч видов растений, в том числе 3000 видов деревьев. 13 На острове обитает 221 вид наземных млекопитающих и гнездится 420 видов птиц. 3
• Естественные места обитания эндемиков. 23 Лес Калимантана — одно из немногих оставшихся естественных мест обитания для многих эндемиков, в том числе для калимантанского орангутана, азиатского слона, суматранского носорога, калимантанского дымчатого леопарда и калимантанской циветы. 23
• Охраняемые природные территории. 1 На Калимантане есть национальные парки, биосферные резерваты и другие охраняемые территории. 1 Например, национальный парк Кинабалу включён в список Всемирного наследия ЮНЕСКО. 3
• Популяции редких и исчезающих видов животных. 1 На острове охраняются популяции орангутана, суматранского носорога, леопарда, индийского слона, малайского медведя. 1

Однако Калимантан сталкивается с некоторыми экологическими проблемами, такими как обезлесение из-за лесоразработок, вырубки лесов под плантации и лесных пожаров. 1