Национальный парк Ахаггар имеет важное значение для сохранения биологического разнообразия региона. 2

Растительный мир парка включает в себя реликтовую неогеновую флору и большое число эндемичных видов. 3 Здесь произрастают оливы, кипарис, мастиковое дерево, акация, дум-пальма, олеандр, полынь, финик пальчатый, тимьян, эфедра. 4

Животный мир парка также разнообразен. 4 Только млекопитающих здесь около 60 видов. 4 Среди более крупных животных, обитающих на просторах парка, можно назвать гривистого барана, газель-доркас, гепарда, муфлона, антилопу саблерогую, пятнистую гиену, обыкновенного шакала и прочих. 3

Кроме того, BirdLife International объявила парк важной птичьей территорией, поскольку здесь обитают значительные популяции пятнистой, коронованной и лихтенштейнской песчанок, фараоновых филинов, бледных луней, больших жаворонков-удодов, полосатохвостых и пустынных жаворонков, бледнокаменных куниц, краснопёрых болтунов, белокрылых и траурных пыреев, пустынных воробьёв и вьюрков-трубачей. 1