Значение лимнологии для охраны природы и управления водными ресурсами заключается в следующем:

• Оценка здоровья пресноводных экосистем. 1 Лимнологи определяют факторы, влияющие на их стабильность, что необходимо для поддержания экологического баланса и долгосрочной жизнеспособности. 1
• Разработка методов устойчивого управления. 1 С помощью лимнологических моделей учёные прогнозируют последствия различных стратегий управления и оценивают потенциальные результаты перед их реализацией. 1
• Определение источников загрязнения. 1 Путем мониторинга и анализа химических параметров лимнологи могут разработать стратегии по снижению уровня загрязнения в озёрах и реках. 1
• Прогноз реакции водоёмов на внешние воздействия. 4 Например, как будет изменяться озеро при увеличении загрязняющих стоков или изменившемся климате. 4

Кроме того, достижения лимнологии используются в ряде отраслей хозяйства: водоснабжении, рыбном хозяйстве, водном транспорте, гидроэнергетике, орошении, добыче полезных ископаемых, медицине и при организации отдыха населения и туризма. 3