Значение Краснодарского водохранилища в нижнем течении Кубани заключается в следующем:

• Защита от наводнений. 14 Излишки воды попадают в водохранилище, которое защищает от подтопления города и посёлки. 4
• Поддержание режима водообеспечения. 2 Водохранилище обеспечивает водой орошаемые земли и рыбохозяйственные объекты. 1
• Обеспечение попусков воды на устьях рек Кубани и Протоки для нерестовых миграций осетровых, рыбца и шемаи. 1
• Улучшение условий судоходства на реке Кубани и Протоки на протяжении более 400 км. 1

Также акватория водохранилища служит местом зимовки водоплавающих птиц, в том числе из числа краснокнижных, используется в рекреационных целях и для рыбалки. 2