Значение Катунского заповедника для сохранения дикой природы России заключается в сохранении уникальных высокогорных природных комплексов и восстановлении численности редких и исчезающих видов животных (снежного барса, манула, барана-аргали и других). 2

На территории заповедника представлено большое разнообразие степных, луговых, лесных и высокогорных растительных сообществ. 1 В общей сложности в нём можно найти 665 видов и подвидов высших сосудистых растений, из которых 9 включены в Красную книгу РФ. 1

Также в заповеднике обитает 59 видов млекопитающих, 155 видов птиц, 3 вида пресмыкающихся, 2 вида земноводных, 8 видов рыб, в том числе внесённые в Красную книгу РФ снежный барс, чёрный аист, скопа, сапсан, балобан, чёрный гриф. 3