Каттегат имеет важное значение для экологии Балтийского моря, так как через него совершается водообмен с Мировым океаном. 2

В 1980-е годы в Каттегате и других более осолоненных районах Балтийского моря отмечались обширные цветения токсичных водорослей, что приводило к гибели пелагических организмов, а также донной флоры и фауны. 3

Кроме того, Каттегат — важный морской проход для торговых судов, на берегах пролива располагаются несколько значительных портов, включая Гётеборг и Хальмстад на шведской стороне и Орхус — на датской. 5

Также полузамкнутость Балтийского моря через проливы Скагеррак и Каттегат (ведущие в Северное море) замедляет его обновление: полное обновление воды может произойти в среднем за 30–50 лет. 1 Это делает море чувствительным к антропогенному воздействию. 1