Иртыш имеет важное значение для экологического баланса Омской области, так как служит источником водоснабжения для многих населённых пунктов Казахстана и России. 45 В частности, река обеспечивает 90% потребностей в воде Омска и ряда районов Омской области. 4

Однако есть и некоторые экологические проблемы, связанные с Иртышом. 1 На берегах реки расположены сотни предприятий, многие из которых не имеют очистных сооружений. 1 В периоды снеготаяния и дождей в Иртыш сбрасываются нечистоты частного сектора и дачных посёлков. 1

Кроме того, многолетняя засуха стабильно снижает уровень реки, в последние годы — до критических показателей. 1 В воде Иртыша можно обнаружить не только химические соединения, но и огромное количество бытового мусора. 1 В периоды половодья он попадает в воду, негативно влияя на её состав и кислородный баланс. 1

Для решения экологических проблем Иртыша планируется строить и модернизировать очистные и гидротехнические сооружения, снижать сток в водоёмы агрохимикатов и биогенных соединений, расчищать русла и очищать берега от мусора. 1