Холмск имеет большое значение как транспортный узел на Сахалине. 14 Это крупнейший транспортный центр на острове, включающий незамерзающий морской порт с двумя терминалами, три железнодорожные станции и узел автомобильных дорог. 14

Порт Холмск является транспортным звеном, соединяющим различные районы Сахалина с регионами России через паромную переправу Ванино — Холмск. 3 Также через него осуществляются международные перевозки в страны АТР. 3

Кроме того, порт занимает важное место в нефтедобывающей промышленности региона — он включён в логистическую цепочку по обслуживанию и снабжению нефтегазовых шельфовых проектов «Сахалин». 3

От города начинается федеральная трасса Р495 Холмск — Южно-Сахалинск. 1