Гора Ямантау имеет значение в контексте геологии Башкортостана, так как является уникальной территорией для проведения научных экспериментов, касающихся гравитационных полей и элементарных частиц, поскольку именно здесь земная кора достигает необходимых для этого параметров. 4 Горные породы имеют высокую плотность и твёрдость, здесь не наблюдается никаких геологических разломов. 4

В контексте экологии гора Ямантау также важна, так как находится на территории Южно-Уральского государственного природного заповедника. 15 Здесь существует более 700 видов различных растений, среди которых насчитывается 57 реликтовых видов. 4 Огромную территорию у горы Ямантау занимает лес, где главенствуют хвойные породы деревьев, такие как ель и пихта сибирская. 4 Кустарники, растущие здесь, такие как волчье лыко, можжевельник и курильский чай, занесены в Красную книгу региона. 4