Заповедник «Брянский лес» имеет важное значение для охраны природы, в частности:

• Сохранение биологического разнообразия. 3 На территории заповедника охраняется 58% природной флоры Брянской области. 3 Большое разнообразие растительного и животного мира объясняется сочетанием элементов различных географических зон: таёжных и широколиственных лесов и лесостепи. 3
• Защита редких видов. 23 В заповеднике охраняются многие редкие животные, такие как выхухоль, бурый медведь, речная выдра, рысь, чёрный аист, серый журавль и другие. 2 Брянский лес — единственное место в Европе, где встречаются все 10 видов европейских дятлов. 3
• Восстановление редких видов. 3 В заповеднике разрабатываются и реализуются программы по восстановлению редких животных, например русской выхухоли, бурого медведя и европейского зубра. 3
• Смягчение влияния хозяйственной деятельности человека. 2 Вокруг заповедника создана охранная зона для смягчения влияния хозяйственной деятельности человека на нетронутую природу. 2
• Инициация образования других охраняемых территорий. 23 Заповедник стал инициатором образования нескольких особо охраняемых природных территорий (ООПТ) — памятников природы областного значения и государственных природных заказников. 23