Бассейн реки Миссисипи имеет важное значение для экосистемы Северной Америки, в частности:

• Обеспечение среды обитания. 1 От реки зависят различные виды животных, в том числе рыб, птиц и млекопитающих. 1 Многие виды животных и птиц встречаются только в бассейне Миссисипи. 5
• Поддержка сельского хозяйства. 1 Река служит источником воды для орошения, что важно для производства продуктов питания в регионе. 1 Речные наносы переносят питательные вещества вниз по течению, обогащая почву и поддерживая рост растительности. 1
• Влияние на экосистемы Мексиканского залива. 13 Река выступает в качестве канала для питательных веществ и отложений, которые помогают поддерживать экосистемы побережья. 1
• Роль в транспортировке. 2 Русло реки важно как транспортная артерия. 2 По ней идут как грузовые и торговые суда, так и туристические — теплоходы, паромы и даже океанские круизные лайнеры. 2

Однако развитие бассейна Миссисипи привело к ряду экологических проблем, одной из крупнейших из которых является загрязнение вод реки сельскохозяйственными стоками. 45 Это привело к возникновению так называемой «мёртвой зоны» Мексиканского залива. 45