Значение Башкирского государственного заповедника для сохранения дикой природы заключается в охране ненарушенных экосистем горного Предуралья, в первую очередь сосновых лесов, которые занимают около 80% площади заповедника. 12

На территории заповедника охраняется более 800 видов высших сосудистых растений, из них 37 видов занесены в Красную книгу Российской Федерации, 256 — в Красную книгу Республики Башкортостан. 1

Животный мир заповедника также разнообразен: в нём охраняется 57 видов млекопитающих, 193 вида птиц, 6 видов рептилий, 3 вида амфибий, 16 видов рыб. 1 Среди обитателей можно встретить лосей, маралов, медведей, рысей, белок и бурундуков. 3

Кроме того, заповедник известен как единственная зона в мире, где охраняют аборигенных диких пчёл. 4