Архипелаг Флорида-Кис имеет важное значение для экологии Флориды, так как его коралловые рифы создают среду обитания для многих морских организмов. 1 От них зависит состояние экосистемы, в том числе качество воды, рыбное хозяйство и устойчивость берега к штормам. 1

Почти вся территория Флорида-Кис находится под охраной Национального морского заповедника Florida Keys National Marine Sanctuary, который был основан в 1990 году. 2 Это позволяет бережно относиться к облику островов и их природе, а также следить за состоянием кораллового рифа и минимизировать негативное влияние туризма на него. 2

Кроме того, на архипелаге проживают около 20 исчезающих видов животных, многие из них не обитают нигде больше на Земле. 3