Алтайская горная система имеет важное значение с точки зрения сохранения биологического разнообразия по нескольким причинам:

• Разнообразие экосистем. 14 В регионе представлена полная последовательность высотных поясов растительности: ледники, горная тундра, альпийские луга, высокогорная тайга, смешанные леса, степи, полупустыни и пустыни, водно-болотные угодья. 1 Это даёт приют большому для северного полушария количеству видов животных и растений. 1
• Наличие редких и эндемичных видов. 14 Из 3700 видов растений Алтае-Саян 16% — редкие, а 9% — эндемики. 1 В регионе обитает снежный барс (ирбис) и алтайский горный баран аргали, которые включены в Красный Список Международного Союза Охраны Природы (МСОП) как находящиеся под угрозой исчезновения. 1
• Наличие исчезающих видов. 5 В горах Алтая и Саян сохраняются, например, более 70 млекопитающих, в том числе краснокнижные снежный барс, аргали, сибирская кабарга. 5 Также в регионе насчитывается более 330 видов птиц, включая степного орла, скопу, журавля-красавку, сапсана, филина. 5
• Статус объекта Всемирного природного наследия ЮНЕСКО. 4 Пять природных территорий российской части Алтая под названием «Золотые горы Алтая» получили этот статус как регион, являющийся важным и оригинальным центром биоразнообразия горных видов растений и животных в северной Азии. 4