Пустыня Калахари оказывает следующее влияние на экосистему Африки:

• Восстановление растительности. 1 В засушливый период растительность Калахари высыхает, но быстро оживает в периоды дождей, становясь пищей для многих животных. 4
• Миграция животных. 4 Ежегодные изменения в пустыне заставляют буйволов, слонов, различных антилоп, гну и зебр перемещаться на большие расстояния в поисках пищи. 4 Во время засухи животные мигрируют на север в поисках воды. 4
• Деградация саванн из-за перевыпаса скота. 2 Это приводит к разрастанию кустарников и деревцев и снижению проективного покрытия злаков, что меняет структуру растительного покрова и всей биоты. 2 Например, от этого страдают множество видов птиц, занесённых в красную книгу ЮАР. 2
• Изменение естественных экосистем пустыни из-за сельскохозяйственного и промышленного использования. 3 Строительство дорог, объектов горнодобывающей промышленности, укладка трубопроводов вносят существенные изменения в хрупкие естественные экосистемы пустыни. 3