Васюганские болота оказывают значительное влияние на экосистему Западно-Сибирской равнины, в частности:

• Обеспечивают территорию пресной водой. 1 Болота служат источником воды для всей Западной Сибири, здесь находится около 800 тысяч небольших озёр, из которых берут начало многие сибирские реки и их притоки. 12
• Связывают углерод, предотвращая появление парникового эффекта. 1 Болота поглощают до десяти миллионов тонн углерода ежегодно и накапливают его в торфе. 1
• Играют важную роль в поддержании состава атмосферного воздуха. 3 Растительность болот обогащает атмосферу кислородом, изымая из планетарного цикла углерод и консервируя его в торфяниках на тысячи лет. 3
• Регулируют уровень грунтовых вод. 4 Болота обеспечивают близкое к земной поверхности стояние или подъём уровня грунтовых вод на прилегающих территориях. 5
• Служат местом обитания редких видов живых организмов, птиц и животных. 2 Здесь обитают, например, северный олень, беркут, орлан-белохвост, скопа, серый сорокопут, сапсан. 3

Таким образом, Васюганские болота играют ключевую роль в экосистеме региона, выполняя гидрологическую, геоморфологическую, климатическую и другие функции. 3