Деятельность рыбных ферм может оказывать негативное влияние на экосистему рек. 13 Некоторые факторы такого воздействия:

• Органическое загрязнение. 4 Избыток питательных веществ из пищи и экскрементов рыбы с ферм повышает уровень содержания органики в воде. 4 Это негативно отражается на экосистеме. 4
• Химическое загрязнение. 4 Противопаразитные препараты, средства для очистки от обрастаний, антибиотики, кормовые красители могут иметь непредсказуемые последствия для водных организмов. 4
• Генетическое загрязнение. 14 Выращенные в неволе особи могут сбегать и конкурировать с дикими рыбами. 14 Также они могут скрещиваться с местными дикими стадами, ухудшая генетическое разнообразие. 4
• Вытеснение исконных обитателей. 1 Выпущенная с ферм молодь создаёт конкуренцию потомству диких популяций, что снижает их численность и вытесняет из родных экосистем. 1

Однако есть и положительные аспекты: например, прудовое рыбоводство может положительно сказываться на биоразнообразии. 2

Влияние рыбных ферм на экосистему зависит от выращиваемых видов, интенсивности производства и расположения фермы. 4 Чтобы минимизировать негативное воздействие, необходимо соблюдать экологические требования и разрабатывать меры, позволяющие сократить влияние на окружающую среду. 14