Бессточные озёра оказывают следующее влияние на экосистему прилегающих территорий:

• Изменение химического состава воды. 3 Из-за отсутствия стока соли, приносимые реками, накапливаются в озере, повышая его солёность. 3
• Разнообразие флоры и фауны. 3 В бессточных озёрах обитают уникальные виды растений и животных, приспособившихся к высокой солёности или другим особенностям водоёма. 3
• Влияние на климат региона. 3 Бессточные озёра являются важными элементами природных ландшафтов, поддерживая жизнь множества живых организмов и влияя на климат региона. 3
• Заиление и зарастание. 4 При антропогенном воздействии нарушается естественное равновесие между биотическими и абиотическими элементами экосистемы, что приводит к заилению и зарастанию озёр. 4

Кроме того, наземные биоценозы водосборной территории поставляют в озёра растительный и животный детрит на разной стадии разложения и гумификации, которые включаются во внутриводоёмные биотические циклы. 2