Вулканическое происхождение островов Сан-Томе и Принсипи влияет на природные богатства островов, в частности на почвы и климат. 14

Почвы: благодаря вулканическому происхождению на островах большое разнообразие различных магматических и вулканических пород со сложными минеральными комплексами. 2 В прошлом хорошие вулканические почвы позволяли получать богатые урожаи, что способствовало развитию сельского хозяйства, например, выращиванию какао и кофе. 15

Климат: острова находятся в тропическом морском климате, который характеризуется как жаркий и влажный. 14 На его формирование влияют воздушные массы Атлантического океана, горы и болота прибрежных районов. 4

Рельеф: острова являются частью потухшей цепи вулканов, что привело к формированию гористого рельефа с вулканическими конусами, кратерами и застывшими лавовыми потоками. 14

Фауна: несмотря на скудность животного мира, острова богаты морской фауной, представленной разнообразными рыбами, крабами, креветками, омарами, устрицами и другими моллюсками. 4