Устье оказывает следующее влияние на экосистему водоёма:

• Создаёт уникальную экосистему. 3 В устье реки смешиваются разные воды с разной температурой, солёностью и составом, что образует особые условия для жизни растений и животных. 3
• Обеспечивает высокий уровень питательных веществ. 1 Смешивание морской и пресноводной воды создаёт высокий уровень питательных веществ как в толще воды, так и в донных отложениях. 1
• Выполняет роль природного барьера. 4 В устьевых областях рек отлагается большая часть приносимых реками наносов, задерживаются и накапливаются растворённые в воде вещества, включая загрязняющие. 4

Кроме того, вследствие замедления скоростей течения и обратных течений в устьях создаются условия для задержки и накопления загрязняющих веществ. 24