Селенга оказывает следующее влияние на экосистему Байкала:

• Приток воды. 2 За год в среднем Селенга приносит в Байкал до 30 кубических километров воды, что равняется половине всего притока в озеро. 2
• Загрязнение. 2 Река приносит и загрязнения, около половины от всех поступающих. 2

Дельта Селенги играет важную роль в очистке воды Байкала. 2 Она задерживает в себе большую часть загрязнений, поступающих в озеро, выступая в роли фильтра или буфера. 2

Также Селенга приносит в Байкал большое количество соединений фосфора, что может приводить к бурному росту водорослей вдоль побережья («зелёным приливам»). 4 Это отражается на эндемичных байкальских губках и развитии популяции водоросли спирогиры, удушающей донных обитателей озера. 4