Рельеф хребта Черского оказывает следующее влияние на климат и гидрологию региона:

Климат: большие высоты хребта способствуют общему выхолаживанию воздуха. 1 Повсеместно наблюдается температурная инверсия: студёный воздух с гор стекает в котловины, ещё больше понижая температуру атмосферного воздуха (до −60 °C). 1 Высотное положение Дарпирской впадины (850–1100 м) смягчает климатические контрасты: делает зиму менее холодной и более многоснежной, а лето — более коротким и менее сухим. 2

Гидрология: на склоны и вершины гор ложится заметно больше снега, что объясняет полноводность рек региона. 2 Многие реки, в том числе Индигирка и её притоки, пересекают хребты в узких долинах с многочисленными порогами. 3 Реки питаются за счёт снежного покрова и летних дождей; свыше 60% годового стока приходится на лето, зимний сток — не более 5% годового. 4 Зимой часты наледи, а небольшие реки промерзают до дна. 4