Рельеф дна Чёрного моря влияет на его экологию следующим образом: на материковом склоне и у его подножия экологическая ситуация достаточно благоприятная. 2 Этому не мешает сероводородное заражение акватории, так как решающим показателем в данном случае является стабильность положения нижней границы (200 м) деятельного слоя. 2 В прибрежной зоне, в пределах которой нарушен баланс осадочного материала и обнаружены процессы донной эрозии, экологическая обстановка напряжённая. 2

Также рельеф дна Чёрного моря, в частности наличие грязевых вулканов, влияет на образование потоков метана, который выделяется со дна моря вследствие процессов дегазации. 15

Кроме того, вертикальное расслоение водной толщи акватории Чёрного моря делает невозможным вертикальное перемешивание воды и обогащение сероводородных глубин кислородом. 1