Река Селенга оказывает негативное влияние на экологию Улан-Удэ за счёт загрязнения её вод канализационными, диффузными стоками и побочными продуктами животноводства. 4

Сточные воды предприятий города сбрасываются в Селенгу и вносят в озеро Байкал около 40% всех техногенных загрязняющих веществ. 1 Повышенное содержание в воде азот- и фосфорсодержащих соединений приводит к усилению вегетации водорослей рода Spirogyra на Байкале, угнетению аборигенных видов флоры и фауны, в первую очередь байкальской губки, очищающей озеро от грязи. 5

Также в дельте Селенги, где снизилась скорость течения, увеличивается объём рыбоводства и начинают активно гнездиться птицы, в воде повышается содержание питательных веществ, в том числе фосфора. 2 Это способствует активному развитию фитопланктона и повышению его биомассы. 2