Многолетняя мерзлота оказывает следующее влияние на водность реки Енисей:

• Ограничивает дренаж почвы. 13 Это препятствует вымыванию минеральных солей и снижает грунтовое питание реки. 13
• Обуславливает высокий сток половодья. 2 К моменту прохождения пика весеннего половодья сезонный слой промерзшего грунта, как правило, не успевает оттаивать, что влияет на дружность этого процесса. 2
• Создаёт особые условия для насыщения воды солями. 13 Низкие температуры замедляют разложение и минерализацию органических веществ, что создаёт условия для насыщения воды солями. 13 Поэтому воды Енисея отличаются чрезвычайно низкой минерализацией, не превышающей в летний период 100 мг/л. 13